阿里巴巴先前被认为违反台湾当局“陆资来台投资规定”，遭投审会开罚12万元(新台币，下同)，并要求(上海淘宝培训)半年内撤资，而阿里巴巴则认为2008年按照当时正常程序设立，虽在5月11日缴纳12万元，但已提起诉愿，目前仍在台湾“行政院”诉愿会诉愿中。

对于阿里巴巴台湾分公司重新申请案，投审会执秘张铭斌表示，投审会已做初步审查，前2天要求其做补充说明，待阿里巴巴文件补齐后，会再送交相关主管机关按正常程序决定准驳。由于阿里巴巴仍就撤资的部分进行诉愿，张铭斌表示，诉愿结果不影响此次的申请。

另外，淘宝网2013年以港商身份来台设分公司，因相同原因(淘宝培训学校)遭投审会开罚新台币24万元，限期6个月转让或撤资，张铭斌表示，淘宝网也已表达重新申请的意愿，但目前还在准备中尚未提出。

另据台湾《工商时报》报道，针对阿里巴巴台湾分公司以新加坡商名义注册而被台当局“经济部”罚款，阿里巴巴集团董事局主席马云昨(5)日接受台湾媒体访问时强调，不论是台湾阿里巴巴或是淘宝，进入(上海淘宝培训)台湾的过程及注册事宜，一定合理合法。

马云近日获颁台湾师范大学名誉教育学博士学位，他在接受访问时表示，会先以合理合法的方式成立台湾分公司，接着才会引进百亿资金。